La storia dell’Abbazia di San Paolo fuori le mura a Roma, si lega a quella della Basilica dalla quale prende il nome. La presenza delle prime comunità monastiche sono testimoniate dal "Praeceptum" marmoreo di San Gregorio Magno (590-604), che si conserva nel museo lapidario Paolino. Il primo monastero maschile fu quello di san Cesario martire che caduto presto in rovina fu restaurato per volere del santo Pontefice Gregorio II, considerato il vero fondatore del monastero paolino, che durante il suon pontificato (715-731) dispose che il monastero fosse unito a quello di Santo Stefano e che ne fossero amministrati i beni.

I monaci di San Cesario acquistarono nuovamente diritti sul monastero solo sotto papa Paolo I (756-767), tanto che essi rappresentavano legalmente la patriarcale basilica di fronte al pontefice. La tranquillità dei monaci fu turbata però dall’invasione dei Saraceni, e per questo si decise dopo la loro ritirata di fortificare le basiliche di San Pietro e san Paolo. Il primo a darne l'esempio fu  Leone IV (855-872), che fece costruire dei bastioni difensivi attorno al Vaticano, chiamati in onore del pontefice "Città Leonina". Poco più tardi papa Giovanni VIII circondò basilica e monastero di mura e torri, vero borgo fortificato con chiesa, mulino, scalo sul Tevere e abitazioni, denominato "Giovannipoli" di cui oggi non è possibile rinvenire alcuna traccia.

Roma era dunque sotto il continuo pericolo di incursioni saracene, ma poteva contare sull’appoggio dei monarchi inglesi che, un secolo prima, si erano convertiti per mezzo dei monaci benedettini alla fede cattolica. Venivano infatti a venerare le tombe dei Santi Apostoli Pietro e Paolo, offrendo ricchi doni alle loro basiliche. Motivo che spinse forse nel tardo Medioevo, i sovrani di Inghilterra ad esercitare la funzione di protettori sulla basilica di San Paolo, anche se si perse per un lungo periodo la severa disciplina della vita monastica che fu ripresa solo grazie dell'abate della celebre abbazia di Cluny, Sant'Oddone, che nel 936 venne a Roma per iniziarvi la riforma monastica non solo a San Paolo ma anche negli altri monasteri della città. La disciplina monastica fu organizzata con severità anche dall’abate Sant'Odilone di Cluny, invitato dall'imperatore stesso Ottone III. I rapporti tra la Chiesa e l’imperatore si inclinarono nel XI secolo, quando a causa delle investiture ecclesiastiche nacquero gravi difficoltà tra le pacifiche relazioni delle due massime autorità del mondo cristiano.

La delicata situazione in cui venne a trovarsi la Santa Sede ebbe una grande ripercussione anche sull'osservanza regolare del cenobbio paolino e sull'amministrazione del suo vasto patrimonio. Il monastero e la basilica si videro cadere in pieno abbandono e nella più squallida decadenza, dalla quale risorsero solo per volere di Leone IX, che ne affidò la cura al monaco Ildebrando, che sarà poi Gregorio VII, nominandolo "provisor apostolicus" dell'abbazia.

Di papa Gregorio VII e del suo pontificato (1073-1085)restano la bolla di conferma del vasto patrimonio feudale emanata nel 1081, la Bibbia carolingia, la porta di bronzo lavorata con figure niellate con argento e smalto, eseguita a Bisanzio nel 1070 attualmente sistemata dopo accurato restauro all'interno della Porta Santa della basilica. Nei secoli XII e XIII grandi artisti giunsero a Roma e si occuparono della decorazione del monastero ostiense; tra questi Pietro Vassalletto, autore del suggestivo chiostro romanico-cosmatesco e del tipico candelabro pasquale, gli artisti toscani Pietro Cavallini, che decorò la facciata della basilica con mosaico e ornò di pregiati affreschi tutte le pareti, e Arnolfo di Cambio artefice dell'artistico e magnifico baldacchino gotico innalzato sul glorioso sepolcro dell'Apostolo.

Durante i tempi della "cattività avignonese", l'abate di S. Paolo fu considerato come il prelato più importante presente in Roma, al quale venivano spesso affidate dai papi di Avignone ragguardevoli missioni. Per risollevare le sorti dell’Abbazia, papa Martino V ne affidò il governo al card. Gabriele Condulmer che poi diverrà papa Eugenio IV, dal 1431 al 1447.

Condulmer fece venire il suo amico ed ex superiore di S. Giorgio in Alga a Venezia, Ludovico Barbo, per riportare nei monasteri benedettini la vita claustrale regolare, che la commenda aveva finito di rovinare. La congregazione nella quale furono riuniti i monasteri benedettini fu detta "de Unitate" o di S. Giustina di Padova. Nel 1504, quando anche Montecassino entrò a far parte della riforma, fu detta Congregazione Cassinese. I superiori della Congregazione Cassinese scelsero il monastero di S. Paolo come sede di un "gymnasium"filosofico e teologico, germe dell'Ateneo internazionale benedettino, fondato sull'Aventino, da Leone XIII (1878-1903) e chiamato ora Collegio S. Anselmo, sede dell'Abate Primate dei benedettini confederati.

La notte tra 15 e il 16 luglio 1823 un incendio fortuito ridusse la basilica in un cumulo di rovine. La ricostruzione si protrasse per un intero secolo, e si concluse con la posa in opera della monumentale porta centrale di bronzo nel 1931, consacrata da Pio IX il 10 dicembre 1854 con la partecipazione di molti cardinali e vescovi venuti a Roma per la definizione del dogma dell'Immacolata Concezione. Con la soppressione degli ordini religiosi del 1866 e poi, per Roma, del 1870, tutti i loro beni furono confiscati dal Governo italiano e quindi anche il monastero di S. Paolo si trovò in condizioni precarie, tanto che i monaci rimasero nella loro casa solo come custodi della basilica allora in ricostruzione.

La ripresa in pieno della vita monastica dell'abbazia iniziata alla fine del secolo XIX e proseguita nel XX, si deve ad alcune grandi figure di monaci di quell'epoca, come gli abati D. Leopoldo Zelli, B. Ildefonso Schuster, il monaco B. Placido Riccardi, e il fondatore di Nuova Norcia Mons. Rudesindo Salvado, che vi morì il 29 dicembre 1900. L'abbazia si S. Paolo un tempo esercitava la giurisdizione diocesana su tre paesi del territorio romano Capena, Nazzano e Civitella S. Paolo. Poi con la sistemazione dei territori diocesani e le relative giurisdizioni, all'abate di S. Paolo passò la cura pastorale con potestà ordinaria della zona extraterritoriale della patriarcale basilica di S. Paolo.